De Wilgetoren is opgericht in december 2005. De school was toen gevestigd aan het Van 't Hoffplein en bedoelt als dependance van basisschool de Wilge. Het gebouw aan het Van 't Hoffplein heeft een torentje. Zo is de Wilgetoren aan zijn naam gekomen.

 
In 2008 is de Wilgetoren een zelfstandige school geworden en een eigen ontwikkeling in gang gezet. Met het team is gekozen voor de ontwikkeling van de school tot Jenaplanschool.
 
Sinds juni 2017 is de Wilgetoren gehuisvest op de huidige locatie aan de Kamerlingh Onnesweg​​.
Een schtitterend gebouw uit 1928 ontworpen door architect Nicolaas Andriessen (een leerling van Dudok).